Deux pêcheries ont été sélectionnées dans chacun des trois archipels des Tonga selon la pression de pêche (forte ou faible). Dans chacune, ont été conduites des enquêtes socio-économiques afin d’affiner l’évaluation de cette pression, pendant que les stocks de poissons récifaux étaient évalués par comptages visuels sous-marins sur 241 transects et leur habitat décrit par une méthode novatrice (à une échelle moyenne), mieux adaptée à leur territoire de vie. L’analyse des données écologiques et halieutiques a permis de montrer que les pressions de pêche globales divergeaient entre archipels et que, combinées aux facteurs écologiques, elles prenaient le pas sur les différences entre sites au sein des archipels. Le facteur pêche explique globalement moins de variance entre peuplements (entre 1,6 et 5,7%) que les facteurs œuvrant à une micro-échelle (tels que : profondeur, couverture en substrat dur et corail vivant, hétérogénéité et complexité topographique) et à une méso-échelle (influence océanique), qui expliquent entre 23,3 et 34,3%. L’étude a confirmé les effets déjà connus de la pêche sur la structuration des peuplements (réduction de la taille moyenne, augmentation compensatrice de la densité dans les classes de petite taille) et a montré l’existence, au moins pour la famille des Scaridae, d’une « transdominance d’espèces », reposant sur la perte de dominance d’espèces cibles de tailles maximales importantes au bénéfice d’espèces de tailles maximales réduites, moins sensibles à la pression de pêche. Le regroupement des espèces par régimes alimentaires ou traits de vie a permis de révéler un changement graduel dans les densités et biomasses relatives de certains groupes en fonction du gradient de pression de pêche. Ce phénomène permet d’envisager l’élaboration d’indicateurs de l’état des stocks pouvant contribuer à une meilleure gestion des ressources en poissons récifaux.